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In jüngster Zeit wurde eine erhebliche Anzahl von Proteinkomplexen definiert und zum Teil charakterisiert, deren Funktion es ist, Proteinsubstrate konformationell zu prozessieren. Diese Proteinkomplexe sind im engeren Sinn molekulare Maschinen. Damit kommt zum einem zum Ausdruck, daß sie ihrerseits einen komplexen Aufbau haben. Zum anderen führen sie vielschrittige Reaktionen durch, in denen Proteine in ihrem Faltungszustand beeinflußt, und in vielen Fällen damit verbunden, weiteren Reaktionen wie Proteinabbau und Proteintranslokation zugeführt werden.
Es ist das Ziel des beantragen Sonderforschungsbereichs, die grundlegenden Strukturen und Mechanismen dieser molekularen Maschinen aufzuklären. Einige sind bereits gut untersucht und es liegen auch Röntgenstrukturen vor, aber selbst in diesen Fällen sind die Mechanismen der Proteinprozessierung nur in Ansätzen bekannt. Für Chaperone, multifunktionelle Proteasen und Proteintranslokasen gilt es nun, in die Strukturen und Funktionen einzudringen und ihre Wirkungsweise auf der Ebene der Moleküle zu verstehen.
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